工程管理軟件系統的實施也可以說是一門藝術。管理咨詢和實施服務人員對工程管理軟件系統的經驗和對企業現場管理的理解對工程管理軟件的實施有著重要的影響。工程管理軟件是一個巨大的知識寶庫。如何充分利用這些豐富的功能，結合企業管理現場的實際情況，將取得可喜的效果。就像醫生看病一樣，一個優秀的醫生如果只有醫學理論知識是不夠的，就應該有很多臨床經驗。醫生的經驗越多，對患者的診斷就越準確，治療方案就越有針對性，治療效果就越好。同樣，在實施工程管理軟件系統的過程中，只有具有豐富咨詢和實施經驗的專家，才能為企業現行管理做出準確、中肯的診斷，提出優秀的解決方案，成功實施系統。

　　因此，企業在選擇工程管理軟件合作伙伴時，應特別注意實施經驗和效果的考核，拜訪公司的成功和失敗客戶，傾聽客戶的反映，吸取成功經驗，總結失敗教訓，確保工程管理軟件的成功實施。

　　工程管理軟件的選擇是選擇其實際功能。由于我國工程管理軟件的開發和應用還處于初級階段，國內市場銷售的工程管理軟件產品在功能和各功能解決問題的深度上存在很大差異。一般來說，MRPII系統的傳統功能，如進銷存、財務、生產等，都比較完整。

　　然而，一些新開發的工程管理軟件功能，如JIT、CRM、SCM、DSS等，要么缺乏，要么功能不完善。這可能是由于一些軟件供應商開發歷史短，應用經驗不足;同時，由于工程管理軟件的這些新功能仍然缺乏一般標準，這必然導致工程管理軟件供應商在定義這些新功能時感到困惑。因此，企業很難選擇這些功能。在選擇這些功能時，不僅要看表面，還要看模塊實際上能解決什么問題，尤其是企業需要解決的問題。例如，決策支持是工程管理軟件系統的主動性功能之一。傳統的MRPII決策是針對結構化問題的決策，其決策過程的環境和原則可以用清晰的語言描述。工程管理軟件中的決策支持功能增加了新的內容，需要大量的非結構化和半結構化決策問題。如新產品開發、投資決策、企業并購等決策。